À 16 ans, Beniamino Paganini entame un bachelier dans les deux conservatoires royaux de Bruxelles, puis poursuit ses études aux conservatoires de Louvain et de La Haye, étudiant la flûte avec Jan De Winne, puis Barthold Kuijken et Frank Theuns, ainsi que le clavecin avec Fabio Bonizzoni et Patrick Ayrton. Il a reçu, en 2020, le prestigieux titre de « Jeune Musicien de l’Année », décerné par la presse musicale belge.