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Articles by Daniel Probst
Computer Science > Machine Learning
Petri nets have been used to describe chemical processes such as reactions.They map well to chemistry: Places are the bonds between atoms and the free valence of each atom, a token is a unit of bond order, a transition forms or breaks a bond, the conserved quantities are the valence budgets of the atoms, and the enabling rule is the valence rule.
Computer Science > Machine Learning
It is common for two-dimensional embeddings of high-dimensional data to be read far beyond what they can support. Distances in and between clusters, the meaning behind empty spaces, and the amount of structure hidden at each point are generally invisible in the output of methods such as t-SNE and UMAP.
Enhancing protein graph representations through static-dynamic fusion
Abstract Machine learning for protein modeling faces significant challenges due to proteins' inherently dynamic nature, yet most graph-based machine learning methods rely solely on static structural information. Recently, the growing availability of molecular dynamics trajectories provides new opportunities for understanding the dynamic behavior of proteins; however, computational methods for utilizing this dynamic information remain limited.
Molecular set representation learning - Nature Machine Intelligence
Abstract Computational representation of molecules can take many forms, including graphs, string encodings of graphs, binary vectors or learned embeddings in the form of real-valued vectors. These representations are then used in downstream classification and regression tasks using a wide range of machine learning models. However, existing models come with limitations, such as the requirement for clearly defined chemical bonds, which often do not represent the true underlying nature of a molecule.
EnzymeMap: Curation, validation and data-driven prediction of enzymatic reactions
EnzymeMap: Curation, validation and data-driven prediction of enzymatic reactions Enzymatic reactions are an ecofriendly, selective and versatile addition, sometimes even alternative to organic reactions for the synthesis of chemical compounds such as pharmaceuticals or fine chemicals.
Direktor der Solothurner Handelskammer sing ein Loblied aufs Gäu
Das Gäu ist schön! Handelskammer-Direktor Daniel Probst schreibt eine Lobeshymne auf die Boomregion Nummer 1 im Kanton Solothurn. Und er zieht Vergleiche zum Silicon Valley. Ins Schwärmen kommt er, mein Freund, wenn er von seiner Heimat erzählt. Acht Jahre lang hat er die Hilari-Zunft zu Olten als 1. Zunftmeister geführt. Als waschechter Gäuer. Souverän, mit viel Schalk, Witz und einer grossen Portion Hilarität. Nie um einen Spruch verlegen.
Direktor der Solothurner Handelskammer sing ein Loblied aufs Gäu
Das Gäu ist schön! Handelskammer-Direktor Daniel Probst schreibt eine Lobeshymne auf die Boomregion Nummer 1 im Kanton Solothurn. Und er zieht Vergleiche zum Silicon Valley. Ins Schwärmen kommt er, mein Freund, wenn er von seiner Heimat erzählt. Acht Jahre lang hat er die Hilari-Zunft zu Olten als 1. Zunftmeister geführt. Als waschechter Gäuer. Souverän, mit viel Schalk, Witz und einer grossen Portion Hilarität. Nie um einen Spruch verlegen.
Direktor der Solothurner Handelskammer sing ein Loblied aufs Gäu
Das Gäu ist schön! Handelskammer-Direktor Daniel Probst schreibt eine Lobeshymne auf die Boomregion Nummer 1 im Kanton Solothurn. Und er zieht Vergleiche zum Silicon Valley. Ins Schwärmen kommt er, mein Freund, wenn er von seiner Heimat erzählt. Acht Jahre lang hat er die Hilari-Zunft zu Olten als 1. Zunftmeister geführt. Als waschechter Gäuer. Souverän, mit viel Schalk, Witz und einer grossen Portion Hilarität. Nie um einen Spruch verlegen.
Aiming beyond slight increases in accuracy - Nature Reviews Chemistry
Owing to the diminishing returns of deep learning and the focus on model accuracy, machine learning for chemistry might become an endeavour exclusive to well-funded institutions and industry. Extending the focus to model efficiency and interpretability will make machine learning for chemistry more inclusive and drive methodological progress. Deep learning is a machine learning technique based on layered artificial neural networks that was pioneered by Alexey Grigorevich Ivakhnenko in the 1960s.
Explainable prediction of catalysing enzymes from reactions using multilayer perceptrons
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Gastkolumne - Unter- statt Überbevölkerung als Problem
Gastkolumne Unter- statt Überbevölkerung als Problem Handelskammer-Direktor Daniel Probst schreibt in seiner Gastkolumne über rückgängige Geburtenzahlen, eine immer älter werdende Bevölkerung und über eine mögliche Unterbevölkerung in der Zukunft. Hundert Jahre lang hat die Anzahl Menschen rasch zugenommen. Mitte November wurde der achtmilliardste Erdenbürger geboren. Damit hat die Menschheit jedoch schon bald ihren Zenit erreicht.
Kolumne: Die Welt braucht mehr Globalisierung
Gastautor Die Welt braucht mehr Globalisierung Um die Probleme der Welt lösen zu können, braucht es nicht weniger, sondern mehr Globalisierung. Und zu den grössten Gewinnern der Globalisierung in der Schweiz gehören die einkommensschwachen Haushalte, sagt Handelskammer-Direktor Daniel Probst. Gemäss dem KOF-Globalisierungsindex der ETH Zürich ist der Welthandel seit den 1970er-Jahren kontinuierlich gestiegen. Zu den grössten Profiteuren gehört die Schweiz.
Abhängigkeiten von Konzernen und KMU
Der letzte Abstimmungssonntag hallt nach. Die Initianten der Konzernverantwortungsinitiative bezeichnen die Gegner weiterhin als Lügner und trauern dem scheinbar knappen Entscheid nach. Nüchtern betrachtet wurde das Volksbegehren mit 14,5 zu 8,5 Standesstimmen deutlich verworfen. Zwar resultierte am Ende ein äusserst knappes Volksmehr. Wäre jedoch nur schon eine Woche später abgestimmt worden, wäre die Initiative wahrscheinlich auch vom Volk abgelehnt worden.
Wenn Kinder uns den Spiegel vorhalten
Haben Sie sich schon einmal gefreut, als Sie im Bus einen jungen Mann mit dunkler Hautfarbe beobachtet haben, wie er im vertrauten Oltner Bahnhofdeutsch mit Gleichaltrigen parlierte? Oder finden Sie es auch immer wieder schön, wenn Leichtathletin Mujinga Kambundji im breitesten Berndeutsch über ihre Schweizer Sprintrekorde spricht?
Wenn Kinder uns den Spiegel vorhalten
Haben Sie sich schon einmal gefreut, als Sie im Bus einen jungen Mann mit dunkler Hautfarbe beobachtet haben, wie er im vertrauten Oltner Bahnhofdeutsch mit Gleichaltrigen parlierte? Oder finden Sie es auch immer wieder schön, wenn Leichtathletin Mujinga Kambundji im breitesten Berndeutsch über ihre Schweizer Sprintrekorde spricht?
Time is of the essence: containment of the SARS-CoV-2 epidemic in Switzerland from February to May 2020
Abstract AIM: In late February and early March 2020, Switzerland experienced rapid growth of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infections with 30,243 confirmed cases and 1,860 deaths as of 10 May 2020. The sequential introduction of non-pharmaceutical interventions (NPIs) resulted in successful containment of the epidemic.
Evaluating Optimization Strategies for Engine Simulations Using Machine Learning Emulators
EPA Report, 2016, “ Light-Duty Automotive Technology, Carbon Dioxide Emissions, and Fuel Economy Trends: 1975 Through 2016,” United States Environmental Protection Agency, Washington, DC, accessed May 2018, https://www.fueleconomy.gov/feg/pdfs/420r16010.pdf Patterson, M. , Kong, S. , Hampson, G. , and Reitz, R. , 1994, “ Modeling the Effects of Fuel Injection Characteristics on Diesel Engine Soot and NOx Emissions,” SAE Paper No. 940523. Ge, H. , Reitz, R. , and Willems, W.
Chemical space guided discovery of antimicrobial bridged bicyclic peptides against Pseudomonas aeruginosa and its biofilms
Herein we report the discovery of antimicrobial bridged bicyclic peptides (AMBPs) active against Pseudomonas aeruginosa, a highly problematic Gram negative bacterium in the hospital environment. Two of these AMBPs show strong biofilm inhibition and dispersal activity and enhance the activity of polymyxin, currently a last resort antibiotic against which resistance is emerging.
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