Open AccessArticle by Lise Alonso 1, Thomas Pommier 1, Danis Abrouk 1, Mylène Hugoni 1,2,3, Van Tran Van 1, Guillaume Minard 1, Claire Valiente Moro 1 and Yvan Moënne-Loccoz 1,* 1 Univ Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, INRAe, VetAgro Sup, UMR5557 Ecologie Microbienne, F-69622 Villeurbanne, France 2 Univ Lyon, INSA Lyon, CNRS, UMR5240 Microbiologie Adaptation et Pathogénie, F-69621 Villeurbanne, France 3 Institut Universitaire de France (IUF), F-75005 Paris, France * Author to whom...