Berendsen Thermostat

在传统的分子动力学模拟软件中，对于分子体系的控制，例如控制体系的相对位置亦或是绝对位置，通常都是通过施加一些约束算法来实现的。例如用于限制化学键的LINCS算法，又比如水分子体系非常常用的SETTLE约束算法，这两种算法都属于Constraint（硬约束）。除此之外还有很多Restraint（软约束），例如施加谐振势等等，在MindSponge中有相关的实现：sponge.potential.OscillatorBias。 得益于Python的灵活性，使用MindSponge框架可以自己继承control里面的父类，实现一些自己的体系控制算法。 首先我们要构建一个用于模拟的体系，这里只是为了演示，我们用一个简单的体系：丙氨酸二肽加上一个水分子。那么如果只有一个丙氨酸二肽的pdb文件，怎么加水分子呢？其实用MindSponge就可以直接完成这种简单的建模，原始的pdb文件是这样的： ATOM 1 H1 ACE 1 2.000 1.000 -0.000 1.00 0.00 ATOM 2 CH3 ACE 1 2.000 2.090 0.000 1.00 0.00 ATOM 3 H2...