Fernando Vara Muñoz-Casillas estaba casado con la médico María Solana y tenía cuatro hijos, Felipe, Lourdes, Gema y Fernando. Toda la vida ha gestionado las ganaderías familiares con dos fincas principales en Olivenza, 'La peña del Gato', donde está su yeguada principal, y 'Viña de los Matos', además de la finca en la provincia de Cáceres, 'Boquerón de jara mediana' y una cuarta en Portugal.